San Rafael es uno de los últimos fragmentos grandes del amenazado Bosque Atlántico. Esta megadiversa ecorregión fue reducida a menos del 7% de su cobertura original.
Es considera entre las cinco más importantes y prioritarias en el mundo para la conservación de ecosistemas terrestres.
Estos bosques conforman nichos ecológicos importantes para aves, mamíferos, reptiles, mariposas y plantas. Alrededor de 8.500 de estas especies animales y vegetales son endémicas, es decir, son particulares de las condiciones ecológicas del Bosque Atlántico y solamente existen allí.
Hasta hoy San Rafael es el sitio que contiene el mayor número de especies de aves en el país, con más de 420 especies registradas. Contiene así más del 60% de las especies del Paraguay.
San Rafael es el ámbito natural de numerosas especies singulares de la flora y la fauna, pero también de las comunidades de los indios Mbya, habitantes autóctonos de Paraguay que todavía viven de forma parcialmente tradicional.
En el año 1992, el gobierno declaró oficialmente la región como zona de reserva, sin embargo, faltaban los medios financieros para comprar las tierras a los propietarios particulares y así conformar un parque nacional.
